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多数病毒性急性肠胃炎可自愈。
由诺如病毒、轮状病毒等引起的病毒性肠胃炎通常3-5天自行缓解，机体免疫系统可清除病原体。这类患者通过口服补液盐、调整饮食和充分休息即可恢复。例如儿童感染轮状病毒后，虽出现水样腹泻和呕吐，但病程呈自限性，5-7天内症状逐渐消退。自愈过程依赖患者自身免疫状态，营养不良或免疫力低下者恢复时间可能延长。
细菌性感染或寄生虫导致的急性肠胃炎难以自愈，需医疗干预。志贺菌、沙门氏菌感染若不及时使用抗生素，可能引发肠穿孔或败血症。若腹泻持续超过48小时，粪便带血或黏液，体温超过38.5℃，需立即就医。老年患者及婴幼儿即使症状轻微，也应在24小时内评估脱水程度，静脉补液可有效预防电解质紊乱和肾功能损伤。
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