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慢性肠炎患者的生存期差异较大，多数人通过规范治疗可长期生存。
慢性肠炎本身通常不直接威胁生命，但病程发展与并发症管理密切相关。轻度患者若及时接受抗炎、调节肠道菌群等治疗，并配合低纤维饮食，病情可稳定数十年。然而，重度患者尤其是合并肠穿孔、中毒性巨结肠或癌变的病例，五年生存率可能降至40%以下。
影响预后的核心因素包括疾病活动度监测和治疗依从性。定期肠镜筛查能早期发现癌变倾向，规律使用免疫抑制剂或生物制剂可降低60%的急性发作风险。营养支持同样关键，约35%的生存期缩短与长期营养不良导致的免疫力下降相关。患者需避免诱发因素如吸烟、应激和高脂饮食，这些行为会使肠道炎症复发率提升3倍。
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