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轻度肠道菌群失调可能自行恢复，中重度需干预治疗。
健康人群短期因饮食不当或压力导致的菌群失衡，通过调整膳食结构、规律作息，2-4周可逐步恢复。增加膳食纤维摄入可促进益生菌增殖，发酵食品如酸奶、泡菜中的乳酸菌能辅助重建菌群平衡。但长期滥用抗生素、慢性消化系统疾病或免疫缺陷引发的失调，肠道自我修复能力受限，必须借助医疗手段干预。
中重度失调表现为持续腹泻、便秘交替或营养不良，此时需进行菌群检测。医生会根据检测结果开具特定益生菌制剂，如双歧杆菌三联活菌散调节菌群比例。严重者可能采用粪菌移植疗法，将健康供体的肠道菌群移植至患者体内。日常应避免擅自服用止泻药或抗生素，及时治疗原发疾病，配合低糖、低脂饮食帮助菌群重建。
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