全飞秒手术的后遗症主要有三种，第1种后遗症是会出现干眼症，干眼症是全飞秒手术最常见的后遗症，患者会出现眼睛发酸、干涩、怕光、怕风等不良反应。第2种后遗症是视力异常，如果在做全飞秒手术时，医生操作不当，会影响患者术后视力恢复，术后仍需要佩戴眼镜进行矫正。第3种后遗症是会出现炎症，如果全飞秒手术过程中没有做好消毒工作，病菌很容易进入眼睛诱发炎症。